על פי חוק הספרייה הלאומית 2007 את הספרייה מנהלים חבר מנהלים ומועצה, והיא פועלת בתיאום עם הספרייה הלאומית לישראל ‒ ארצות הברית (NLI USA), השלוחה האמריקנית של הספרייה, אשר נוסדה כגוף עצמאי בשנת 2014. השלוחה האמריקנית היא מלכ"ר 501(c) (3), והיא נוסדה כדי לקדם את ענייניה של הספרייה הלאומית בארצות הברית.